O café especial possui diferenças importantes em relação ao café convencional, especialmente no que diz respeito à qualidade do grão, método de cultivo e torra. 

Com menor presença de impurezas e micotoxinas o café especial passa por uma seleção rigorosa de grãos, evitando grãos defeituosos ou contaminados. Cafés convencionais frequentemente contêm impurezas, grãos verdes ou fermentados e até micotoxinas (toxinas produzidas por fungos, como a ocratoxina A), que podem ter efeitos prejudiciais à saúde.

O café especial é torrado de maneira mais leve ou média, preservando compostos bioativos e antioxidantes. O café tradicional costuma ser torrado excessivamente para mascarar defeitos do grão, gerando compostos tóxicos como a acrilamida, em maior quantidade.

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Como os grãos especiais são de melhor qualidade eles preservam melhor os antioxidantes naturais, tem menor acidez desagradável e menos amargor, devido ao cuidado no seu cultivo e processamento.​​​